ILIM telah ditubuhkan pada 1 Januari 1997 dan mula beroperasi pada Julai 1999. Ia terletak di Sebelum itu ia dikenali sebagai Institut Dakwah dan Latihan Islam (INDAH), Bahagian Ugama, Jabatan Perdana Menteri (JPM). INDAH ditubuhkan pada April 1974. Penubuhan INDAH adalah memenuhi hasrat dan cita-cita umat Islam di Malaysia yang ingin melihat penubuhan sebuah institut latihan yang bertanggungjawab melaksanakan program latihan di peringkat pusat.

INDAH ditubuhkan hasil daripada Persidangan Majlis Kebangsaan Bagi Hal Ehwal Ugama Islam Malaysia Kali Keenam pada 16 Disember 1971 yang dipengerusikan oleh YAB Tun Abdul Razak bin Haji Hussein, Perdana Menteri Malaysia yang kedua.

Seiring dengan penjenamaan Bahagian Hal Ehwal Islam (BAHEIS) kepada Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM), maka pada 1 Januari 1997, INDAH telah dikembangkan fungsinya kepada tiga bahagian iaitu Dakwah, Latihan dan ILIM.